Sahabe, Kur'an ayetlerini ya kendi ictihadlarına dayanarak ya da Rasulullah (s.a.v.)'den işiterek tefsir etmişlerdir. Çoğu zaman ayetin nuzül sebebini ve kimin hakkında indiğini de açıkladılar. Onlar bir ayetin tefsirinde, ayetten anladıkları sözlük anlamını açıklamada en kısa ifadelerle yetiniyorlardı. Örneğin; ayetini şöyle tefsir ediyorlardı: Cahiliyede yaşayan insanlar yolculuğa çıkmak istediklerinde eline bir ok alarak şöyle diyordu: Bu ok çıkmayı emrediyor. Eğer yolculuğa çıkarsa o hayra isabet edecektir. Eline bir başka ok daha alıyor eğer onda çıkma diye yazıyorsa bu kişi yolculuğunda hayra isabet etmeyecektir diyorlardı. Ve ikisi arasında nasipsiz kalıyordu. İşte Allah bu ayetle bu türden hareketleri yasaklamıştır. Eğer ayetin nüzul sebebini ve kimin hakkında indiğini de zikrederlerse daha fazla açıklama yapmış oluyorlardı. İşte Allahu Teâla bu ayetle bu türden davranışları yasaklamıştır. Örneğin İbni Abbas, Allahu Teâla'nın ayetini "Mekke'ye" şeklinde açıklıyordu. Ebu Hüreyre ayetini; "Amcası Ebu Talib'in müslüman olmasını isteyen Rasulullah (s.a.v.) hakkında inmiştir" şeklinde açıklıyordu. Sahabeden sonra gelen Tabiin, Sahabenin bu türden tefsirlerini rivayet ettiler. Tabiinden bazı kimseler tefsirde ictihad veya işitme yoluyla Kur'an'ın bazı ayetlerini bizzat kendileri tefsir etmiş veya nuzül sebeplerini zikretmişlerdir. Tabiinden sonra gelen alimler Yahudi ve Hıristiyanlarla ilgili haberleri de naklederek tefsirde bir genişleme meydana getirdiler. Daha sonra ise her asırda ve her nesilde müfessirler Kur'an-ı tefsirde birbirlerini takip ettiler ve her dönem tefsir sahasını bir önceki döneme oranla daha da genişlettiler. Müfessirler hükümler istinbat etmek için Kur'an ayetlerini incelemeye, açıklamaya devam ederken bir kısım kimseler cebr ve ihtiyara dayanan mezhebi görüşlerine göre ayetleri tefsir etmekte, bir başkaları ise yaşamada, kelam ilminde, belağatta, sarf ve nahivde ve benzeri konularda kendi görüşlerini ispatlamak için Kur'an ayetlerini tefsir ediyorlardı. Sahabe asrından günümüze kadar geçen süre içerisinde çeşitli asırlarda yapılan tefsir çalışmaları incelendiğinde her asırdaki tefsir çalışmalarının, içerisinde bulundukları çağdaki ilmi hareketlerden etkilendiği, o çağda bulunan görüşlerin, nazariyelerin ve mezheblerin görüşlerinin tefsirlere yansıdığı görülmektedir. Bu nedenle içerisinde bulunduğu çağda egemen olan görüşlerden, hükümlerden ve düşüncelerden etkilenmemiş pek az sayıda tefsir vardır.

Ancak bu tefsirlerin tamamı ilk günden itibaren yani Sahabe asrından itibaren tefsir kitaplarında telif edilmemişti. Her asırda farklı bir hale intikal ederek günümüze kadar ulaşmıştır. Başlangıçta tefsir, hadisten bir parça ve hadis bölümlerinden bir bölüm idi. Hadis, İslâmi bilgilerin tamamını bünyesinde toplayan geniş bir sahayı oluşturuyordu. Hadis ravisi fıkhi bir hükmü içeren bir hadisi rivayet ettiği gibi, Kur'an'dan bir ayeti tefsir eden bir hadisi de rivayet ediyordu. Abbasi döneminin başlangıcı ile Emevi döneminin sonlarına gelindiğinde yani hicri ikinci asırda müellifler, bir konu ile ilgili birbirine benzer hadisleri toplayarak diğerlerinden ayırmaya başladılar. İçeriğinde fıkıhla, tefsirle ilgili bilgileri barındıran hadisler birbirinden ayrıldı. Böylece hadis, siret, tefsir ve fıkıh gibi ilim dalları doğdu. Tefsir ilmi diğer ilim dallarından ayrı olarak okunan bağımsız bir ilim dalı haline geldi. Ancak başlangıçta tefsirler, Kur'an ayetlerinin mushafta sıralanışı gibi düzenli bir şekilde bir sıra takip edilerek yazılmamıştı. Hadiste olduğu gibi çeşitli ayetlere ait tefsirler şurada burada dağınık bir şekilde bulunuyordu. Hadis ilmi ile tefsir ilmi birbirinden ayrılıncaya ve başlı başına bir ilim dalı haline gelinceye kadar bu durum aynen devam etti. Tefsir bağımsız bir ilim dalı halini aldıktan sonra Kur'an tefsiri, mushafın tertibine göre Kur'an'dan her bir ayetin veya ayetten bir parçanın tefsiri düzenli bir şekilde tefsir edilmeye başlandı. Kur'an'ı ilk defa ayet ayet tefsir eden ve birbiri ardına bunları sıralayarak bir tefsir ortaya koyan Hicri 207 yılında vefat eden el-Ferra'dır. el Fihrist isimli kitabında İbni Nedim şöyle der: "Ömer b. Bekir, El-Ferra'ya bir mektup yazdı ve ona şöyle dedi: El Hasan b. Sehl, Kur'an'dan bana bir şey sorduğunda yanımda ona cevap verecek bir şey bulamıyorum. Eğer bu konuda bana bir usul toplar veya bu konuda bir kitap yazarsan yazdıklarını bana gönder. Bunun üzerine Ferra' arkadaşlarına: Bir araya gelin de size Kur'an'la alakalı bir kitap yazdırayım dedi ve onlar için bir gün tayin etti. Hazır olduklarında onların yanına geldi. Mescidde ezan okuyan ve namazda insanlara Kur'an okuyan bir adam vardı. Ferra' o adama yöneldi ve ona: Fatiha'yı oku da onu tefsir edeyim sonrada Kur'an'ın tamamını tamamlarız dedi. Adam Fatiha'yı okudu, Ferra da tefsir etti. Bu nedenle Ebu'l Abbas: "Ferra'dan önce hiç kimse Kur'an'ı böyle tefsir etmedi. Bundan daha fazlasını yapacak kimse olduğunu da sanmıyorum." Ferra'dan sonra Hicri 310 senesinde vefat eden ve meşhur tefsiri "Taberi"yi yazan İbni Cerir et-Taberi geldi. İbni Cerir'in tefsirinden önce İbni Cüreyc'in tefsiri gibi meşhur olmuş tefsirler vardır. İbni Cüreyc'in tefsiri, sahih olan olmayan ayırımı yapmadan buldukları hadisleri toplayan ilk muhaddislerin hadis toplama işine benzemektedir. Derler ki: "İbni Cüreyc her ayet hakkında rivayet edilenlerin sahih veya sakim (sahih değil) olmasına bakmadan hepsini toplamıştır" Hicri 127 de vefat eden es Süddi'nin ve Hicri 150 yılında vefat eden Mukatil'in tefsiri de aynı tür tefsirlerdendir. Abdullah b. Mübarek, Mukatil'in tefsiri hakkında şunları söylemektedir. "Eğer güvenilir olsaydı onun tefsiri ne kadar güzel bir tefsirdir" Muhammed b. İshak'ın tefsiri de böyledir. Muhammed b. İshak tefsirinde, Vehb b. Münebbih, Kabu'l Ahbar ve bunların dışında Tevrat'tan, İncil'den rivayetlerde bulunan ve onları şerh eden kimselerin sözlerini zikretmekte, Yahudilere ve Hıristiyanlara ait haberleri nakletmektedir. Bununla beraber bu tefsirler bizlere ulaşmamıştır. Ancak Tefsirinde Yahudilere ve Hıristiyanlara ait haberlerden en fazla bulunan kişi ibni Cerir et Taberi'dir. Daha sonra Kur'an'ı kâmil bir sıralama ile düzenlenmiş eksiksiz kitaplarda tefsir eden müfessirler birbirlerini takip ettiler.

Tedvin edilmiş olan tefsir kitaplarını dikkatlice inceleyen kimse müfessirlerin bu tefsirlerde farklı yöntemleri takip ettiklerini gözlemler. Onlardan kimi Kur'an'ın yüceliğini ve diğerlerinden farklılığını anlatabilmek için tefsirinde Kur'an'da ki belağat çeşitlerine, anlamlarına, üslûblarına daha çok önem vermişler ve tefsirlerinde bu yön ağırlık kazanmıştır. Keşşaf isimli tefsirin sahibi Muhammed b. Ömer ez-Zemahşeri bunlardandır. Tefsir-i Kebir ismi ile meşhur olan Fahreddin er-Razi gibi bir kısım müfessirler ise tefsirlerinde akaid kaidelerine, asılsız haberlerle mücadeleye, Ahkâm-ul Kur'an isimli tefsiri ile meşhur, el-Cassas lakabı ile bilinen Ebu Bekir er-Razi gibi birtakım müfessirler ise tefsirlerinde ahkâm ayetlerine ve bu ayetlerden hükümlerin istinbatına önem vermiş, şer'i hükümlerin ele alınmasını ön plana çıkarmışlardır. Babu't Te'vil Fi Meani't Tenzil isimli tefsirinde el-Hazin lakabı ile bilinen Alaaddin b. Muhammed el-Bağdadi es-Sufi gibi bir kısım müfessirler ise, geçmiş kavimlerin kıssalarını inceleyerek tarih ve İsrailiyata ait kitaplardan dilediklerini Kur'an kıssalarına ilave etmiş, şeriata muhalif olup olmamasını, akla uygunluğunu ve Kur'an'ın kat'i ayetleri ile çelişip çelişmediğini inceleyip araştırmadan, değerli ve değersiz işittikleri her şeyi tefsirlerinde toplamışlardır. Yine El-Beyan tefsirinin Sahibi Şeyh Tabressi, et-Tibyan tefsirinin sahibi Şeyh et-Tusi gibi bir takım müfessirler ise kendi mezheblerinin görüşlerini desteklemeye önem vermiş ve ayetleri bağlı olduğu grubun görüşlerini destekleyici bir şekilde tefsir etmişlerdir. Bu iki müfessir, akaidde ve hükümlerde şia mezhebinin görüşlerini desteklemişlerdir. Bir kısım müfessirler ise tefsirde, hiçbir tarafa bakmadan Kur'an anlamlarını ve hükümlerini açıklamaya önem vermişlerdir. Bu müfessirlerin tefsirleri, tefsirde temel tefsir kitapları olarak itibar görür. Tefsirde ve diğer konularda imamlardan sayılırlar. İbni Cerir Et Taberi'nin, Ebu Abdullah Muhammed El Kurtubi ve En-Nesefi'nin tefsirleri bu türden tefsirlerdir. Ancak yirminci asırda ve çöküş asrının sonlarında yazılan Muhammed Abduh, Tantavi Cevheri, Ahmed Mustafa el-Meragi ve daha bir çoklarının yazdıkları tefsirlere gelince, bunlar hiçbir şekilde tefsirlerden sayılmaz ve onlara güvenilmez. Zira bu kişilerin tefsirlerinde bir çok ayette Allah'ın dinine açıkça saldırı vardır. Örneğin Muhammed Abduh tefsirinde; "Allah'ın indirdikleri ile hükmetmeyenler fasıklardır" ayetini tefsir ederken Hindistan'da yaşayan müslümanların İngiliz kanunlarını almalarına ve İngiliz yargı hükümlerine boyun eğmelerine cevaz vermektedir. Eş-Şeyh Muhammed Abduh "El-Menar" ismi ile meşhur Kur'an-ı Hakim tefsirinin altıncı cildinde Maide suresindeki; "Allah'ın indirdikleri ile hükmetmeyenler fasıklardır" ayetini 406-409. sayfalarda tefsir ederken kendisine sorulan: "İngiliz kanunları ile hükmeden bir İngiliz'in yanında çalışan bir müslümanın orada Allah'ın indirdiklerinin dışındaki kanunlarla hükmetmesi caiz midir? sorusunu uzunca bir cevapla aynen şöyle cevaplandırmaktadır:

"Daru'l Harb, İslâm hükümlerinin uygulanacağı bir yer değildir. Bu nedenle, dinde müslümanları fitneye düşmekten emin kılacak bir maslahat veya bir özrün bulunması durumu müstesna, oradan hicret etmek vaciptir. Hükümet işlerinin üstlenilmesi gibi bir yolla müslümanların çıkarlarını koruyacak, İslâm'ın nüfuzunu kuvvetlendirecek bir vesilenin olmadığı bir durumda ve özellikle de İngiliz hükümeti gibi milletler ve halklar arasında adalete daha yakın ve kolaylaştırıcı, toleranslı bir hükümetin hakim olduğu bir bölgede, gücü yettiğince İslâm hükümlerini kuvvetlendirebilecek ve müslümanlara hizmet edebilecek bir kimsenin ikamet etmesi gerekir. Birçok konuda işleri hakimlerin ictihadına bıraktığı için bu devletin (İngiltere'nin) kanunları İslâm şeriatına, diğer devletlerin kanunlarından daha fazla yakındır. İslâm'da kadılık/hakimlik yapmaya ehil olan bir kimse iyi bir niyet ve sağlam bir kasıtla Hindistan'da hakimlik görevinde bulunsa müslümanlara büyük hizmetlerde bulunabilir. İlim ve basiret sahibi kimseler, yargı ve yargı dışındaki hükümet işlerini, küfür kanunları ile hükmetmenin günah olacağı düşüncesiyle terk ederlerse müslümanların dini ve dünyevi işlerinin önemli bir kısmının yok olup gideceği açıkça ortadadır" ve devamla "Hindistan'daki müslümanların İngiliz hükümetinde böylesi bir görev almaları ve İngiliz kanunları ile hükmetmeyi kabullenmeleri de yukarıda anlatılanlardandır. Böylesi bir amel, bir ruhsattır ve müslümanların çıkarlarını korumayı, İslâm'ı desteklemeyi kasteden bir azimet durumu yoksa iki zarardan/günahtan daha hafif olan bir günah işlenir kaidesi kapsamına girer."

Kur'an'da sonradan ortaya çıkan ilimlere ve bilgilere de yer verilmiştir diyerek Kur'an'ın onları açıkladığına delil olmak üzere tefsirini hayvan ve kuş resimleri ile dolduran Tantavi Cevheri'nin tefsiri de güvenilir olmayan tefsirlerdendir. Şeytanların ve meleklerin varlığını inkâr eden ve Kur'an'daki bu konu ile ilgili ayetleri tevil ederek yaptığı tefsir ile kâfir olan ve İslâm'dan çıkan Mustafa Zeyd'in tefsiri de böyledir. Bunlar ve benzeri bütün tefsirler müslümanlarca tefsir kitaplarından sayılmazlar ve tefsirlerine de itibar olunmaz.